Aspects théoriques de l'analyse des maladies des organes digestifs. Études bactériologiques diagnostiques des maladies gastro-intestinales Aspects théoriques de la recherche bactérienne du tractus gastro-intestinal

Loranskaya I.D., Lavrentieva O.A.

Histoire de l'étude de la composition de la microflore gastro-intestinale tract(GIT) a commencé en 1681, lorsque l'explorateur néerlandais Antonie Van Leeuwenhoek a rapporté pour la première fois ses observations de bactéries et d'autres micro-organismes trouvés dans les selles humaines et a émis l'hypothèse de la coexistence de différents types de bactéries dans le tractus gastro-intestinal. tract. En 1850, Louis Pasteur développe le concept de fonctionnel le rôle des bactéries dans le processus de fermentation. Le médecin allemand Robert Koch a poursuivi ses recherches dans ce sens et a créé une technique d'isolement de cultures pures, qui permet d'identifier des souches bactériennes spécifiques, nécessaires pour distinguer les micro-organismes pathogènes et bénéfiques. En 1886, l'un des fondateurs de la doctrine de intestinal infections F. Escherich décrites pour la première fois intestinal bâtonnet (Bacterium coli communae). Ilya Ilitch Mechnikov en 1888, alors qu'il travaillait à l'Institut Louis Pasteur, affirmait qu'en intestins les humains sont habités par un complexe de micro-organismes qui ont un « effet d’auto-intoxication » sur le corps, estimant que l’introduction de bactéries « saines » dans le tractus gastro-intestinal peut modifier l’effet intestinal microflore et contrecarrer l’intoxication. La mise en œuvre pratique des idées de Mechnikov fut l'utilisation de lactobacilles acidophiles à des fins thérapeutiques, qui commença aux États-Unis dans les années 1920-1922. Les chercheurs nationaux n'ont commencé à étudier cette question que dans les années 50 du 20e siècle. En 1955, Peretz L.G. ont montré que intestinal Le bacille des personnes en bonne santé est l'un des principaux représentants de la microflore normale et joue un rôle positif en raison de ses fortes propriétés antagonistes envers les microbes pathogènes. Les recherches sur la composition du tractus intestinal, commencées il y a plus de 300 ans, microbiocénose, sa physiologie normale et pathologique et le développement de moyens d'influencer positivement la microflore intestinale se poursuivent à ce jour.

Les principaux biotopes sont : gastro-intestinaux tract(cavité buccale, estomac, intestin grêle, gros intestin), peau, voies respiratoires, système urogénital.

La microflore du tractus gastro-intestinal est la plus représentative, sa masse chez un adulte est supérieure à 2,5 kg, son nombre est de 1014. Auparavant, on croyait que la composition microbiocénose Le tractus gastro-intestinal comprend 17 familles, 45 genres et plus de 500 espèces de micro-organismes. Compte tenu des nouvelles données obtenues lors de l'étude de la microflore de divers biotopes gastro-intestinaux à l'aide de méthodes de génétique moléculaire et de chromatographie gaz-liquide-spectrométrie de masse, le génome total des bactéries gastro-intestinales contient 400 000 gènes, soit 12 fois la taille du génome humain. Soumis analyse pour l'homologie des gènes d'ARNr 16S séquencés, microflore pariétale (muqueuse) de 400 parties différentes du tractus gastro-intestinal, obtenue à partir d'un examen endoscopique de diverses parties des intestins de volontaires. À la suite de l'étude, il a été démontré que la microflore pariétale et luminale comprend 395 groupes de micro-organismes phylogénétiquement distincts, dont 244 sont complètement nouveaux. De plus, 80 % des nouveaux taxons identifiés lors des recherches en génétique moléculaire appartiennent à des micro-organismes incultes. La plupart des nouveaux phylotypes putatifs de micro-organismes sont des représentants des genres Firmicutes et Bacteroides. Le nombre total d'espèces approche les 1 500 et nécessite des éclaircissements supplémentaires.

Le tractus gastro-intestinal communique par le système sphinctérien avec l'environnement externe du monde qui nous entoure et, en même temps, par la paroi intestinale, avec l'environnement interne du corps. Grâce à cette particularité, le tractus gastro-intestinal possède son propre environnement, qui peut être divisé en deux niches distinctes : le chyme et la muqueuse. Le système digestif humain interagit avec diverses bactéries, que l’on peut qualifier de « microflore endotrophique du biotope intestinal humain ». La microflore endotrophique humaine est divisée en trois groupes principaux. Le premier groupe comprend la microflore eubiotique indigène ou eubiotique transitoire bénéfique pour l’homme ; les seconds sont des micro-organismes neutres qui sont semés constamment ou périodiquement des intestins, mais n'affectent pas la vie humaine ; la troisième comprend les bactéries pathogènes ou potentiellement pathogènes (« populations agressives »). En termes microécologiques, le biotope gastro-intestinal peut être divisé en niveaux (cavité buccale, estomac, sections intestinales) et en microbiotopes (cavité, pariétal et épithélial). La capacité à s'appliquer dans le microbiotope pariétal, c'est-à-dire L'histadhésivité (la propriété d'être fixé et de coloniser les tissus) détermine l'essence du caractère transitoire ou indigénéité des bactéries. Ces signes, ainsi que l'appartenance à un groupe eubiotique ou agressif, sont les principaux critères caractérisant un micro-organisme en interaction avec le tractus gastro-intestinal. Les bactéries eubiotiques participent à la création de la résistance à la colonisation de l’organisme, qui est un mécanisme unique du système barrière anti-infectieux. Le microbiotope de la cavité dans tout le tractus gastro-intestinal est hétérogène ; ses propriétés sont déterminées par la composition et la qualité du contenu d'un niveau particulier. Les niveaux ont leurs propres caractéristiques anatomiques et fonctionnel caractéristiques, par conséquent, leur contenu diffère par la composition des substances, la consistance, le pH, la vitesse de mouvement et d'autres propriétés. Ces propriétés déterminent la composition qualitative et quantitative des populations microbiennes des cavités qui leur sont adaptées. Le microbiotope pariétal est la structure la plus importante qui limite l'environnement interne du corps par rapport à l'environnement externe. Elle est représentée par des dépôts muqueux (gel de mucus, gel de mucine), un glycocalyx situé au-dessus de la membrane apicale des entérocytes et la surface de la membrane apicale elle-même. Le microbiotope mural présente le plus grand intérêt du point de vue de la bactériologie, puisque c'est dans celui-ci que se produisent les interactions bénéfiques ou néfastes avec les bactéries pour l'homme - ce que l'on appelle la symbiose. Aujourd'hui, on sait que la microflore de la muqueuse intestinale est très différente de la microflore de la lumière intestinale et des selles. Bien que l'intestin de chaque adulte soit habité par une certaine combinaison d'espèces bactériennes prédominantes, la composition de la microflore peut changer en fonction du mode de vie, de l'alimentation et de l'âge. Une étude comparative de la microflore chez des adultes génétiquement apparentés à un degré ou à un autre a révélé que la composition de la microflore intestinale est davantage influencée par des facteurs génétiques que par la nutrition.

Considérons les compositions de la microflore normale de différentes parties du tractus gastro-intestinal. La cavité buccale et le pharynx effectuent un traitement mécanique et chimique préliminaire des aliments et évaluent le danger bactériologique des bactéries pénétrant dans le corps humain. La salive est le premier liquide digestif qui traite les substances alimentaires et affecte la microflore pénétrante. La teneur totale en bactéries de la salive est variable et s'élève en moyenne à 108 MK/ml. La microflore normale de la cavité buccale comprend des streptocoques, des staphylocoques, des lactobacilles, des corynébactéries et un grand nombre d'anaérobies. Au total, la microflore buccale comprend plus de 200 types de micro-organismes. A la surface de la muqueuse, selon les produits d'hygiène utilisés par l'individu, on détecte environ 103-105 MK/mm2. La résistance à la colonisation de la bouche est réalisée principalement par les streptocoques (S. salivarus, S. mitis, S. mutans, S. sangius, S. viridans), ainsi que par des représentants des biotopes cutanés et intestinaux. Dans le même temps, S. salivarus, S. sangius, S. viridans adhèrent bien à la muqueuse et à la plaque dentaire. Ces streptocoques alpha-hémolytiques, qui présentent un degré élevé d'histodhèse, inhibent la colonisation de la bouche par des champignons du genre Candida et des staphylocoques. La microflore qui traverse transitoirement l'œsophage est instable, ne présente pas d'histadhésivité sur ses parois et se caractérise par une abondance d'espèces temporairement présentes qui pénètrent par la cavité buccale et le pharynx. Dans l'estomac, des conditions relativement défavorables sont créées pour les bactéries en raison de l'acidité accrue, de l'influence des enzymes protéolytiques, de la fonction d'évacuation motrice rapide de l'estomac et d'autres facteurs qui limitent leur croissance et leur reproduction. Ici, les micro-organismes sont contenus en quantités ne dépassant pas 102-104 pour 1 ml de contenu. Les eubiotiques de l’estomac colonisent principalement le biotope de la cavité ; le microbiotope de la paroi leur est moins accessible. Les principaux micro-organismes actifs dans l'environnement gastrique sont des représentants acido-résistants du genre Lactobacillus, avec ou sans relation histagesive avec la mucine, certains types de bactéries du sol et les bifidobactéries. Les lactobacilles, malgré leur court temps de séjour dans l'estomac, sont capables, outre leur effet antibiotique dans la cavité gastrique, de coloniser temporairement le microbiotope pariétal. En raison de l'action combinée des composants protecteurs, la majeure partie des micro-organismes qui pénètrent dans l'estomac meurent. Cependant, si le fonctionnement des composants muqueux et immunobiologiques est perturbé, certaines bactéries trouvent leur biotope dans l'estomac. Ainsi, en raison de facteurs de pathogénicité, la population Helicobacter pylori s'établit dans la cavité gastrique.

Les principales fonctions de l’intestin grêle comprennent l’hydrolyse cavitaire et pariétale des aliments, l’absorption, la sécrétion et la barrière de protection. Dans ce dernier cas, outre les facteurs chimiques, enzymatiques et mécaniques, la microflore indigène de l'intestin grêle joue un rôle important. Il participe activement à l’hydrolyse des cavités et des parois, ainsi qu’aux processus d’absorption des nutriments. L’intestin grêle est l’un des maillons les plus importants assurant la préservation à long terme de la microflore pariétale eubiotique. Il existe une différence dans la colonisation des microbiotopes cavitaires et pariétaux par la microflore eubiotique, ainsi que dans la colonisation des étages le long de l'intestin. Le microbiotope de la cavité est soumis à des fluctuations dans la composition et la concentration des populations microbiennes, tandis que le microbiotope de la paroi présente une homéostasie relativement stable. Dans l'épaisseur des dépôts muqueux, des populations aux propriétés histaghesives à la mucine sont préservées. L'intestin grêle proximal contient normalement de petites quantités de flore à Gram positif, constituée principalement de lactobacilles, de streptocoques et de champignons. La concentration de micro-organismes est de 102 à 104 pour 1 ml de contenu intestinal. À mesure que nous approchons des parties distales de l'intestin grêle, le nombre total de bactéries augmente jusqu'à 108 pour 1 ml de contenu, et en même temps d'autres espèces apparaissent, notamment des entérobactéries, des bactéroïdes et des bifidobactéries.

Les principales fonctions du gros intestin sont la réserve et l'évacuation du chyme, la digestion résiduelle des aliments, l'excrétion et l'absorption de l'eau, l'absorption de certains métabolites, du substrat nutritif résiduel, des électrolytes et des gaz, la formation et la détoxification des selles, la régulation de leur excrétion, maintien des mécanismes de protection des barrières. Toutes les fonctions ci-dessus sont réalisées avec la participation de micro-organismes eubiotiques intestinaux. Le nombre de micro-organismes du côlon est de 1 010 à 1 012 UFC pour 1 ml de contenu. Les bactéries représentent jusqu'à 60 % des matières fécales. Tout au long de la vie d'une personne en bonne santé, les espèces de bactéries anaérobies prédominent (90 à 95 % de la composition totale) : bifidobactéries, bactéroïdes, lactobacilles, fusobactéries, eubactéries, veillonelles, peptostreptocoques, clostridies. De 5 à 10 % de la microflore du côlon sont des micro-organismes aérobies : Escherichia, Enterococcus, Staphylococcus, divers types d'entérobactéries opportunistes (Proteus, Enterobacter, Citrobacter, Serration, etc.), des bactéries non fermentantes (Pseudomonas, Acinetobacter), des levures. champignons du genre Candida et etc. en cours d'analyse composition spécifique du microbiote du côlon, il faut souligner qu'en plus des micro-organismes anaérobies et aérobies indiqués, sa composition comprend des représentants de genres de protozoaires non pathogènes et une dizaine de virus intestinaux. Deux biotopes qui diffèrent par leurs caractéristiques anatomiques, physiologiques et environnementales - l'intestin grêle et le gros intestin - sont séparés par une barrière fonctionnant efficacement : la valve Baugin, qui s'ouvre et se ferme, ne laissant passer le contenu de l'intestin que dans un seul sens, et retient la contamination du tube intestinal dans les quantités nécessaires à un organisme sain. Ainsi, bien que la teneur bactérienne dans la bouche puisse être assez élevée - jusqu'à 106 CFU/ml, elle diminue jusqu'à 0-10 CFU/ml dans l'estomac, s'élevant à 101-103 dans le jéjunum et 105-106 dans l'iléon distal. , avec pour conséquence une forte augmentation de la quantité de microbiote dans le côlon, atteignant un niveau de 1012 UFC/ml dans ses parties distales. Au fur et à mesure que le contenu se déplace à l'intérieur du tube intestinal, la pression partielle de l'oxygène diminue et la valeur du pH de l'environnement augmente, ce qui entraîne une répartition verticale de divers types de bactéries : les aérobies sont situés plus haut, les anaérobies facultatifs sont plus bas et les anaérobies stricts sont encore plus faibles.

Il a été prouvé que la microflore peut influencer la fonction sensorimotrice de l'intestin dans trois directions :

à travers les produits finaux de la fermentation bactérienne et du métabolisme,

facteurs neuroendocriniens

médiateurs immunitaires.

Les peptides bactériens stimulent le système nerveux entérique et l'innervation afférente, et les endotoxines (lipopolysaccharides) peuvent affecter la motilité intestinale. Les produits métaboliques des bactéries saccharolytiques - les acides gras à chaîne courte (AGCC), tels que le butyrate, l'acétate et le propionate, jouent un rôle important dans le maintien d'une fonction intestinale normale et peuvent être impliqués dans la pathogenèse des maladies gastro-intestinales. Les SCFA sont d’importantes sources d’énergie nécessaires aux colonocytes. Le maintien des conditions anaérobies dans le côlon est également réalisé à l’aide de métabolites microbiens.

Les SCFA influencent la production de sérotonine, de motiline et de somatostatine contenues dans les cellules entéroendocrines du côlon et de l'iléon ; ce sont des médiateurs clés de la motilité intestinale. La microflore est importante dans le développement normal du système immunitaire intestinal et du tissu lymphoïde. L’importance du système immunitaire dans la régulation de la fonction sensorimotrice de l’intestin ne doit pas non plus être sous-estimée.

Il existe des méthodes histochimiques, morphologiques et génétiques moléculaires pour étudier les micro-organismes, ainsi que des tests de stress.

La méthode la plus courante est l’examen bactériologique des selles. En règle générale, le nombre d'indicateurs déterminés varie de 14 à 25. L'avantage de la méthode est la vérification précise des bactéries pathogènes. Les inconvénients de la méthode incluent la possibilité d'obtenir des résultats faussement positifs et faussement négatifs en raison de l'hétérogénéité de l'isolement des micro-organismes à partir de différentes sections de matières fécales et de la difficulté de cultiver des micro-organismes anaérobies. De plus, la flore de cavité et de transit, qui domine la flore fécale, est déterminée, tandis que la flore pariétale n'est pas évaluée.

Une alternative aux études bactériologiques peut être les méthodes chromatographiques de différenciation des micro-organismes - gaz-liquide, échangeuse d'ions et, en particulier, la chromatographie gaz-liquide (GLC) en combinaison avec la spectrométrie de masse (MS) - GLC-MS. La méthode GLC-MS est basée sur la détermination des composants des cellules bactériennes qui apparaissent à la suite de leur mort naturelle ou d'une attaque par des composants du système immunitaire. Les composants lipidiques mineurs des membranes microbiennes sont utilisés comme marqueurs. En fonction de leur contenu et de leur quantité, jusqu'à 170 espèces de bactéries et de champignons aérobies et anaérobies peuvent être déterminées en quelques heures dans différents environnements biologiques.

Une méthode d'analyse GLC a été développée et est en cours de mise en pratique, basée sur la détermination des SCFA, qui sont des métabolites de genres de micro-organismes principalement anaérobies. Sur la base des données obtenues, un passeport métabolique pour l'eubiose intestinale a été créé. La méthode vous permet d'évaluer rapidement et précisément l'état de la microflore indigène.

La prolifération bactérienne de l’intestin grêle (SIBO) implique une croissance anormale (supérieure à 105 UFC/ml) de bactéries endogènes dans l’intestin grêle, similaires à celles que l’on trouve normalement dans le côlon. Des méthodes directes et indirectes sont utilisées pour diagnostiquer SIBO. Direct implique l’inoculation du contenu duodénal et jéjunal obtenu à l’aide d’une sonde stérile. Une méthode indirecte comprend l'étude des émissions d'hydrogène - un alcootest. La justification de la création d'un test respiratoire à l'hydrogène était le fait que lors du métabolisme des glucides par la microflore du côlon, une grande quantité de gaz, dont de l'hydrogène, se forme. Le test d’hydrogène peut être utilisé pour donner une idée approximative du degré de contamination bactérienne de l’intestin grêle. Cependant, récemment, une opinion a émergé selon laquelle le test respiratoire à l'hydrogène ne peut déterminer que le transit orocecal des bactéries.

Actuellement, la méthode de détermination des types de micro-organismes par réaction en chaîne par polymérase (PCR) s'est généralisée. La méthode PCR a été développée en 1983 par Kary Mullis, pour laquelle il a reçu le prix Nobel de chimie en 1993. La méthode PCR est basée sur la copie répétée (amplification) du fragment d'ADN souhaité à l'aide de l'enzyme ADN polymérase. Comparée aux méthodes de diagnostic traditionnelles, la PCR est très sensible et spécifique. Il permet l'utilisation pour le diagnostic d'échantillons avec des exigences moins strictes quant à la viabilité des micro-organismes étudiés que pour la recherche utilisant des méthodes microbiologiques. Il existe aujourd'hui une méthode PCR plus avancée que la méthode « classique » - avec détection des résultats en temps réel. Cette méthode est basée sur la mesure automatique du niveau du signal fluorescent, qui augmente à chaque cycle lors d'une réaction PCR positive, ce qui permet une évaluation quantitative de l'ADN du micro-organisme étudié dans un échantillon biologique.

L'évolution des humains et des animaux s'est déroulée en contact constant avec le monde des microbes, ce qui a entraîné la formation de relations étroites entre les macro et les micro-organismes. L'influence de la microflore gastro-intestinale sur le maintien de la santé humaine, son équilibre biochimique, métabolique et immunitaire est incontestable et a été prouvée par un grand nombre de travaux expérimentaux et d'observations cliniques. Son rôle dans la genèse de nombreuses maladies continue d'être activement étudié (athérosclérose, obésité, syndrome du côlon irritable, maladies inflammatoires non spécifiques de l'intestin, maladie coeliaque, cancer colorectal, etc.). Par conséquent, le problème de la correction des troubles de la microflore est en fait un problème de préservation de la santé humaine et de création d'un mode de vie sain.

Il faut rappeler que les troubles dysbiotiques sont toujours secondaires. Par conséquent, éliminer les causes, traiter la maladie sous-jacente contre laquelle les troubles se développent microbiocénose intestins, est l'un des principes directeurs de sa correction. Outre l'effet sur la maladie sous-jacente et l'augmentation de la résistance de l'organisme, la correction des troubles dysbiotiques se traduit par : la normalisation de la fonction motrice intestinale, l'utilisation d'entérosorbants, la prescription de médicaments antibactériens, de pré- et probiotiques et de symbiotiques.

Baktistatine®, un médicament complexe d'origine naturelle, un entérosorbant innovant à effet probiotique, utilisé dans la pratique clinique moderne, possède ces propriétés.

Le médicament Baktistatin® se compose de trois composants qui renforcent mutuellement leurs effets. La base du médicament est un liquide de culture stérilisé du microbe naturel Bacillus Subtilis aux propriétés médicales et biologiques élevées, contenant des substances probiotiques (lysozyme, bactériocines, catalases), des enzymes et des acides aminés. L'effet bactéricide et bactériostatique sur les microbes pathogènes et conditionnellement pathogènes est dû à la teneur en substances probiotiques synthétisées lors de la croissance végétative des bactéries de la souche B. subtilis et à leur concentration dans le liquide de culture pendant la fermentation. Ainsi, les composés probiotiques contenus dans Bactistatine® assurent la restauration de la microflore intestinale normale et augmentent la résistance non spécifique de l'organisme.

Le deuxième composant est la zéolite, un sorbant naturel doté de propriétés d'échange d'ions. La zéolite est capable de présenter des propriétés de sorption principalement par rapport aux composés de faible poids moléculaire (méthane, sulfure d'hydrogène, ammoniac et autres substances toxiques), sans entrer en interaction directe avec les vitamines, les acides aminés, les protéines, les laissant dans le système gastro-intestinal. tract. Les ions contenus dans le corps peuvent être inclus dans la structure cristalline du minéral et, à l'inverse, le corps reçoit du minéral les éléments inorganiques dont il a besoin. Il se produit ce que l'on appelle l'échange d'ions sélectif. Les zéolites aident à normaliser le métabolisme des graisses, des protéines et des glucides ; augmenter l'immunité; augmenter la résistance au stress; améliorer la fonction de reproduction, la fonction des cellules hépatiques ; normalise la motilité intestinale, accélérant le mouvement du contenu intestinal dans le tube digestif tract.

Bactistatine® contient également de l'hydrolysat de farine de soja, qui est une source naturelle de protéines complètes, d'acides aminés et d'oligosaccharides, et offre les conditions les plus favorables à la croissance non compétitive de la flore normale et à la restauration du paysage microbien du corps.

Bactistatine® est particulièrement efficace pour normaliser la microflore intestinale dans les maladies gastro-intestinales aiguës et chroniques présentant des symptômes de dysbiose, dans la dysbactériose survenant avec le syndrome du côlon irritable, à la suite d'un traitement antibiotique et après des infections intestinales.

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Les infections intestinales aiguës (IA) sont répandues dans le monde entier et se caractérisent par une propagation fécale-orale (alimentaire, hydrique) ou domestique et par la localisation primaire de l'agent pathogène dans l'intestin. Il s'agit de maladies polyétiologiques dont les agents responsables appartiennent à divers groupes de micro-organismes (bactéries, champignons, virus, protozoaires).

Les agents pathogènes bactériens des infections intestinales aiguës comprennent des représentants des familles suivantes :

1.Entérobactéries :

Genre Shigelle , dont les représentants provoquent une infection anthroponotique - la dysenterie.

Genre Salmonelle , dont les représentants provoquent des infections anthroponotiques - fièvre typhoïde et fièvres paratyphoïdes A et B et des zooanthroponoses - salmonellose.

Genre Escherichia

Diarrhéique E. coli, provoquant l'escherichiose.

Genre Iersinia , provoquant une yersiniose intestinale et une pseudotuberculose.

Bactéries sorte de Klebsiella spp, Protée spp, Entérobactérie spp, Citrobactérie spp - provoquant des maladies d'origine alimentaire.

2. Vibrionacées

Genre Vibrio - V. choléra 0,1 ou 0139, provoquant le choléra et les vibrions opportunistes, agents responsables de diarrhées vibriogènes.

3. Campphylobactériacées

GenreCampphylobactérie (C. jéjuni, C. coliet etc.), provoquant des zooanthroponoses - campylobactériose. Genre Hélicobactérie (H. pylori, associés aux ulcères gastriques et duodénaux).

4. Baccililacées.

Genre Bacille (B . cereus, provoquant une intoxication alimentaire).

5. Clostridiacées

GenreClostridium (AVEC.botulique, C. difficilee)- provoquant une entérocolite pseudomembraneuse induite par les antibiotiques.

6. Staphylococcées

Genre Staphylocoque (S. UNurée), produisant une entérotoxine. Lorsqu'une grande quantité d'entérotoxine pénètre dans l'organisme avec de la nourriture, une toxicose alimentaire staphylococcique se développe.

Virus- les agents responsables des infections intestinales aiguës sont les rotavirus, le virus Norwalk, certains sérotypes d'adénovirus, les entérovirus, notamment le virus de l'hépatite A et le virus de l'hépatite E.

Microflore gastro-intestinale normale

Il existe une répartition particulière de la microflore dans le système digestif. Dans tout le tractus gastro-intestinal, on distingue plusieurs biotopes qui diffèrent considérablement par la composition de la microbiocénose, qui est associée à différentes caractéristiques morphologiques, fonctionnelles et biochimiques des sections correspondantes du tractus gastro-intestinal.

Œsophage. La microflore de l'œsophage est pauvre. La partie proximale est contaminée par des bactéries typiques de la microflore de la cavité buccale et du pharynx ; dans les parties distales, on peut la trouver Staphylocoque spp., diphtéroïdes, Sarcina spp.B. subtile, champignons du genre Candidose.

Estomac. Il n'y a pratiquement pas de bactéries dans l'estomac, leur nombre ne dépasse pas 10,3 ml de contenu. Cela est dû aux actions de l’acide chlorhydrique, du lysozyme et des enzymes. Un grand nombre de bactéries sont détectées dans la partie pylorique. La composition des espèces est présentée Lactobacilles spp, Bifidobacterium spp, Bacteroides spp, Streptococcus spp, champignons de type levure, Sarcina spp, Enterococcus spp, Pseudomonas spp, Bacteroides spp.

Intestins. Dans le duodénum, ​​le nombre de bactéries ne dépasse pas 10 4 - 10 5 CFU pour 1 ml de contenu. Microflore présentée Lactobacillus spp, Bifidobacterium spp, Bacteroides spp, Enterococcus spp. Certains d’entre eux proviennent de masses alimentaires, d’autres des parties supérieures de l’intestin grêle.

Dans les parties supérieures de l'intestin grêle, des micro-organismes sont détectés en petite quantité de 10 4 CFU/ml. Le principal mécanisme qui empêche la croissance des bactéries dans l'intestin grêle est l'action de la bile, des enzymes, du péristaltisme intestinal et de la sécrétion d'immunoglobulines dans la lumière intestinale. À mesure que l'on se dirige vers la partie distale de l'intestin grêle, l'effet des facteurs bactéricides et bactériostatiques s'affaiblit et des conditions favorables se créent pour les bactéries à l'entrée du gros intestin (certains pH, température, nombreux substrats nutritifs), ce qui contribue à leur intensification. la reproduction. En relation avec cela et la présence d'un grand nombre de produits de désintégration, la microflore normale constante du gros intestin chez l'adulte occupe la première place en nombre (10 11 - 10 12 UFC/g de matières fécales) et en diversité (plus de 100 types différents de micro-organismes en permanence)

Étant donné que des conditions anaérobies sont créées dans ce biotope chez une personne en bonne santé, la composition de la microflore normale du gros intestin prédomine (96-99%), des bactéries-bactérioïdes anaérobies, C.Rerfringens, Streptocoque spp, Fubacterium spp, Veilonella spp,Gémelle spp, Peptostreptococcus spp.Lactobacilles spp, seulement jusqu'à 4 % de la microflore sont des micro-organismes aérobies anaérobies facultatifs E. coli, Enterobacteriaceae spp., en petites quantités Staphylococcus spp, Proteus spp, Pseudomonas spp, champignons du genre Candida spp, espèce individuelle Tréponème spp, Mycobacterium spp, Mycoplasma spp, Actinomyces spp, protozoaires et virus.

Voies biliaires. Foie. Chez les personnes en bonne santé, les microbes sont généralement absents des voies biliaires.

Maladies gastro-intestinales non spécifiques

Maladies gastro-intestinales non spécifiques - diarrhée, colite non spécifique, syndrome de mauvaise sorption, duodénite, ulcère gastrique, gastrite, gastro-entérite, cholangite, cholécystite, œsophagite. Ils sont souvent associés aux entérovirus, aux rotavirus, à l'amibiase, à la balantidiase, au muguet et à la candidose intestinale.

Microbiologie de la gastro-entérocolite- inflammation des muqueuses de l'estomac et de l'intestin grêle. Le facteur étiologique est Entérobactérie spp, Staphylococcus spp, Clostridium spp, Bacillus spp, Camphylobactérie spp, Iersinia spp, Vibrio spp, rotavirus, entérovirus.

Microbiologie de la gastrite- lésions de la muqueuse gastrique, accompagnées de dysfonctionnements . Des gastrites, des ulcères gastriques et duodénaux sont associés AvecH. pylori.

Microbiologie de l'œsophagite - inflammation de la membrane muqueuse de l'œsophage. Agent pathogène principal C. albicans, virus de l'herpès simplex, cytomégalovirus.

Microbiologie de la cholécystite- inflammation de la vésicule biliaire, majoritairement d'origine bactérienne ( E . coli , S. auréus, Entérocoque spp, Streptococcus spp, Proteus spp, champignons de type levure, flore mixte.).

Diagnostic microbiologique. La principale méthode de diagnostic microbiologique des infections intestinales aiguës est l'examen bactériologique.

Collecte de matériel :

Les matières fécales sont collectées dans des conteneurs stériles selon des règles aseptiques. En cas de défécation naturelle, le prélèvement s'effectue à partir de couches ou à partir d'un pot avec une spatule stérile montée dans un bouchon en coton d'une éprouvette ;

Les matières fécales peuvent être collectées dans le rectum à l'aide d'un tube rectal inséré sur 8 à 10 cm ;

Lors d'un examen préventif de personnes saines pour portage typhoïde-paratyphoïde, le candidat doit recevoir 25 à 30 g de sulfate de magnésium, qui est un cholérétique et un laxatif, 3 heures avant le début de la collecte du matériel ;

Le matériel est collecté dès l’apparition des premiers signes de la maladie, avant le début du traitement antibiotique. Il est conseillé d'effectuer le prélèvement et l'ensemencement initial du matériel aux urgences ; il doit être livré au laboratoire au plus tard 2 heures après le prélèvement, sinon il doit être conservé au réfrigérateur. Si un ensemencement immédiat n'est pas possible, le matériel collecté est placé dans des tubes à essai avec une solution de conservation ;

Le transport doit être effectué dans le respect des règles de prudence nécessaires - dans des sacs, des trousses ;

Le matériel est prélevé dans l'œsophage et l'estomac lors de l'œsophagoscopie et de la gastroscopie ;

Le contenu de l'intestin grêle est collecté à l'aide d'une sonde. L'échantillon est examiné au plus tard une heure après son prélèvement ;

À escherichiose entérique- il s'agit de matières fécales, de roséole, d'urine, de bile, de vomissements ;

À escherichiose parentérale- écoulement purulent, urine, crachats, sang sous formes septiques ;

Infections typhoïde-parotide, le choix du matériel est déterminé par la phase de pathogenèse :

Phase de bactériémie (1 semaine) sang,

Le plus fort de la maladie (2,3 semaines) : sang, ponction médullaire, grattage de la roséole ;

Phase excrétoire-allergique (4ème semaine) : sang (en cas de rechute), selles, urine, bile ;

bile recueillis dans des tubes stériles en sondant le duodénum. Dans ce cas, le contenu duodénal, la bile kystique et la bile des voies biliaires sont collectés séparément (lot A, B, C) ;

- roséole scarifier, le matériel prélevé est inoculé sur bouillon biliaire ;

Collecte d'urine, de LCR, de biopsies de moelle osseuse, d'expectorations - décrites dans les sections correspondantes.

Diagnostic microbiologique

L'examen en laboratoire des selles commence par un examen caprologique préliminaire, pour cela il faut :

Préparez des frottis de matières fécales, colorez-les avec du bleu de méthylène pour identifier les leucocytes, ce qui indique des dommages à la muqueuse intestinale ;

Effectuer une analyse microscopique d'un frottis fécal natif pour le ver, car des helminthiases peuvent survenir avec le tableau clinique d'infections intestinales aiguës ;

Effectuer des analyses microscopiques sur des protozoaires (amibes, lamblia, cryptosporidium).

Examen bactériologique des selles en cas de suspicion d'infection intestinale aiguë

Caractéristiques de l'événement 1ère étape L'examen bactériologique en cas de suspicion d'infection intestinale aiguë comprend les éléments suivants :

L'examen microscopique primaire des frottis fécaux n'est pas effectué ;

Compte tenu de la polyétiologie de l'OCI, afin d'isoler une culture pure, l'ensemencement des dilutions de matières fécales est effectué sur des milieux de diagnostic différentiel (Endo, Levin, Ploskireva, gélose bismuth-sulfite et milieux d'enrichissement).

Au stade 2 recherche bactériologique

Les colonies cultivées sans lactose (incolores) sont sélectionnées. Ils sont formés de salmonelles, de shigelles ;

Les colonies lactose-positives (colorées) qui ont donné Escherichia sont soigneusement éliminées avec une anse et une réaction d'agglutination est réalisée avec elles avec du sérum polyvalent complexe d'Escherichia pour divers sérogroupes pathogènes. Les colonies avec lesquelles un résultat positif a été enregistré, après réaction avec le sérum approprié, sont filtrées quant à leur accumulation sur une gélose inclinée.

La culture accumulée est identifiée en genre et en espèce sur la base d'un ensemble de propriétés biochimiques :

En cas de suspicion de yersiniose, la primo-inoculation est réalisée sur milieu de Serov, suivie d'un enrichissement à froid (les inoculations sont placées au réfrigérateur, suivies d'un semis sur milieu nutritif solide) ;

Si une campylobactériose est suspectée, un semis primaire est effectué sur des milieux nutritifs spéciaux avec addition d'antibiotiques. Les cultures sont incubées dans des anaérostats ;

Pour le diagnostic bactériologique du choléra, le matériel du patient est inoculé sur un milieu électif (eau peptonée à 1 %, gélose alcaline) ;

Diagnostiquer les maladies causées par C. difficile l'exotoxine se trouve dans les selles des patients. Des méthodes ELISA ou de génétique moléculaire sont utilisées.

Si une toxi-infection alimentaire est suspectée, l'ensemencement initial du matériel est réalisé sur plusieurs supports spécifiques :

Semis sur milieu Endo - pour isoler les entérobactéries ;

Semer selon Shchukevich - pour isoler Proteus;

Semer sur ZhSA - pour l'isolement S. auréus,

Culture sur gélose au sang pour isoler les streptocoques ;

Semis sur milieu Kitt-Tarrotsi pour isoler les anaérobies.

Semis sur milieu Sabouraud pour isoler les champignons.

Pour le diagnostic microbiologique des infections intestinales aiguës, les éléments suivants sont également utilisés : sérodiagnostic - souvent réalisée rétrospectivement.

Immunoindication - réaction d'immunofluorescence, agglutination au latex, co-agglutination.

Dans le proximal de petites quantités de bactéries peuvent être trouvées dans certaines parties de l'œsophage, vivant dans l'oropharynx, dans les sections distales - staphylocoques, diphtéroïdes, bactéries lactiques, sarcina, Bacillus subtilis et candida. Un examen bactériologique est effectué pour identifier les agents responsables de l'œsophagite. Les principaux agents pathogènes sont le HSV, le CMV et les champignons du genre Candida.

Pour l'infection herpétique indiquer de multiples petits ulcères profonds ; en cas d'infection à CMV, ils sont plus gros et sujets à la fusion. L'œsophagite à Candida est typique des patients souffrant d'immunodéficience sévère. Pour isoler le candida, des biopsies sont effectuées au cours de l'œsophagoscopie, des frottis colorés au Gram sont examinés au microscope et le matériel est inoculé sur un milieu nutritif.

Examen bactériologique de l'estomac

Bactéries dans l'estomac pratiquement absents, ou leur quantité ne dépasse pas 10 3 -10 4 ml de contenu, ce qui est dû au pH acide. Un plus grand nombre de bactéries sont détectées dans la partie pylorique. Avec l'hypochlorhydrie, des lactobacilles, des sarcina, des entérobactéries, Pseudomonas aeruginosa, des entérocoques, des bacilles sporulés et divers champignons sont détectés dans l'estomac. Helicobacter pylori, l'agent causal de la gastroduodénite ulcéreuse récurrente, revêt une importance particulière.

Pour la détection de H. pylori Le prélèvement d'échantillons de biopsie pendant la fibrogastroscopie est considéré comme le plus optimal. À maladies d'origine alimentaire causées par S. aureus et B. cereus, étudier les eaux de lavage gastrique, qui sont examinées immédiatement. Les échantillons sont centrifugés, les sédiments sont examinés au microscope et inoculés sur des milieux nutritifs. Si une analyse immédiate n'est pas possible, le pH des échantillons est ajusté à des valeurs neutres et congelé. Le vomi est livré au laboratoire sur de la glace ; Si nécessaire, ils peuvent être congelés.

FONCTIONS DE BASE DE LA MICROFLORE NORMALE DU TRACTUS INTESTINAL

La microflore normale (normoflore) du tractus gastro-intestinal est une condition nécessaire à la vie du corps. La microflore du tractus gastro-intestinal, au sens moderne du terme, est considérée comme le microbiome humain...

Normoflore(microflore en état normal) ouÉtat normal de la microflore (eubiose) - c'est qualitatif et quantitatifle rapport des diverses populations microbiennes d'organes et de systèmes individuels, maintenant l'équilibre biochimique, métabolique et immunologique nécessaire au maintien de la santé humaine.La fonction la plus importante de la microflore est sa participation à la formation de la résistance de l'organisme à diverses maladies et la prévention de la colonisation du corps humain par des micro-organismes étrangers.

Le tractus gastro-intestinal est l'un des environnements microécologiques les plus complexes du corps humain, dans lequel, sur la superficie totale de la membrane muqueuse, qui est d'environ 400 m2, il existe une diversité exceptionnellement élevée et diversifiée (plus de 1000 espèces).bactéries, virus, archées et champignons hétérogènes - éd.) la densité de contamination microbienne, dans laquelle l'interaction entre les systèmes protecteurs du macro-organisme et les associations microbiennes est très finement équilibrée. On estime que les bactéries représentent 35 à 50 % du volume du côlon humain et que leur biomasse totale dans le tractus gastro-intestinal approche les 1,5 kg.Cependant, les bactéries sont inégalement réparties dans le tractus gastro-intestinal. Si la densité de colonisation microbienne dans l'estomac est faible et n'est que d'environ 10 3 -10 4 CFU/ml, et dans l'iléon - 10 7 -10 8 CFU/ml, puis déjà au niveau de la valve iléo-cæcale du côlon, le gradient de densité bactérienne atteint 10 11 -10 12 UFC/ml. Malgré une grande variété d’espèces bactériennes vivant dans le tractus gastro-intestinal, la plupart ne peuvent être identifiées que par la génétique moléculaire.

Aussi, dans toute microbiocénose, y compris intestinale, il existe toujours des espèces de micro-organismes vivantes en permanence. - 90% , lié à ce qu'on appelle microflore obligatoire ( synonymes : microflore principale, autochtone, indigène, résidente, obligatoire), qui joue un rôle de premier plan dans le maintien de la relation symbiotique entre le macroorganisme et son microbiote, ainsi que dans la régulation des relations intermicrobiennes, et il existe également des microflores supplémentaires (microflore d'accompagnement ou facultative) - environ 10% et transitoire (espèces aléatoires, allochtones, microflore résiduelle) - 0,01%.

Principal les types le microbiote intestinal est Firmicutes, Bacteriodetes, Actinobactéries, Protéobactéries, Fusobactéries, Verrucomicrobia, Tenericutes Et Lentisphaères.

Parmi les bactéries commensales cultivées à partir du tractus gastro-intestinal, plus de 99,9 % sont des anaérobies obligatoires, dont les dominantes sont accouchement : Bacteroides, Bifidobacterium, Eubacterium, Lactobacillus, Clostridium, Faecalibactérie, Fusobactérie, Peptocoque, Peptostreptocoque, Ruminocoque, Streptocoque, Escherichia Et Veillonelle. La composition des bactéries détectées dans différentes parties du tractus gastro-intestinal est très variable.

Augmenter densité les micro-organismes et la diversité biologique des espèces sont observés le long du tractus gastro-intestinal dans une direction caudale-cervicale. Des différences de composition intestinale sont également observées entre la lumière intestinale et la surface muqueuse. Les Bacteroides, Bifidobacterium, Streptococcus, Enterococcus, Clostridium, Lactobacillus et Ruminococcus sont prédominants. accouchement dans la lumière intestinale, tandis que Clostridium, Lactobacillus, Enterococcus et Akkermansia prédominent à la surface associée à la muqueuse - c'est-à-dire CeEtle microbiote, respectivement (ou d'une autre manière - luminal et muqueux). Le microbiote associé à la muqueuse joue un rôle très important dans le maintien de l'homéostasie, compte tenu de sa proximité avec l'épithélium intestinal et le système immunitaire muqueux sous-jacent.3 ]. Ce microbiote pourrait jouer un rôle important dans le maintien de l’homéostasie cellulaire de l’hôte ou dans le déclenchement de mécanismes inflammatoires.

Une fois cette composition établie, le microbiote intestinal reste stable tout au long de la vie adulte. Certaines différences ont été observées entre le microbiote intestinal des adultes plus âgés et plus jeunes, notamment en ce qui concerne la prédominance accouchement Bacteroides et Clostridium chez les personnes âgées et taper Firmicutes chez les jeunes. Trois variantes du microbiote intestinal humain ont été proposées, classées comme entérotypes basé sur les variations des niveaux de l'un des trois accouchement: Bacteroides (entérotype 1), Prevotella (entérotype 2) et Ruminococcus (entérotype 3). Ces trois variations semblent indépendantes de l'indice de masse corporelle, de l'âge, du sexe ou de l'origine ethnique [, ].

En fonction de la fréquence et de la cohérence de la détection des bactéries, toute la microflore est divisée en trois groupes (tableau 1).

Tableau 1. Microbiocénose du tractus gastro-intestinal.

Toutefois, une telle division est extrêmement arbitraire. Directement dans le côlon Chez l'homme, les bactéries des genres Actinomyces, Citrobacter, Corynebacterium, Peptococcus, Veillonella, Acidominococcus, Anaerovibrio, Butyrovibrio, Acetovibrio, Campylobacter, Disulfomonas, Roseburia, Ruminococcus, Selenomonas, Spirochetes, Succinomonas, Wolinella sont présentes en quantités variables. En plus de ces groupes de micro-organismes, vous pouvez également trouver des représentants d'autres bactéries anaérobies (Gemiger, Anaerobiospirillum, Metanobrevibacter, Megasphaera, Bilophila), divers représentants de genres de protozoaires non pathogènes Chilomastix, Endolimax, Entamoeba, Enteromonas) et plus de dix intestins virus (plus de 50 % des personnes en bonne santé possèdent une seule et même 75 espèces de bactéries, et plus de 90 % des bactéries du côlon appartiennent aux phyla Bacteroidetes et Firmicutes - Qin, J. ;et autres. Un catalogue de gènes microbiens intestinaux humains établi par séquençage métagénomique.Nature.2010 , 464 , 59-65.).

Comme indiqué ci-dessus, la division des micro-organismes gastro-intestinaux en groupes de « constance et importance » est très arbitraire. La science ne s'arrête pas face à l'émergence de nouvelles méthodes d'identification du microbiote indépendantes de la culture (séquençage de l'ADN, hybridation in situ en fluorescence (POISSON), l'utilisation de la technologie Illumina, etc.) et la reclassification d'un certain nombre de micro-organismes réalisée dans ce cadre, la vision de la composition et du rôle du microbiote intestinal humain sain a considérablement changé. Il s’est avéré que la composition du microbiome gastro-intestinal dépend de personne accessoires. Une nouvelle idée sur l'espèce dominante est également apparue : une idée raffinée arbre phylogénétique microbiote du tractus gastro-intestinal humain (à ce sujet et plus encore, voir les sections "" & " ".

Il existe une relation étroite entre les colonies de micro-organismes et la paroi intestinale, ce qui leur permet d'être combinées en un seul.complexe tissulaire microbien, qui est formé de microcolonies de bactéries et de métabolites qu'elles produisent, de mucus (mucine), de cellules épithéliales de la muqueuse et de leur glycocalice, ainsi que de cellules stromales de la muqueuse (fibroblastes, leucocytes, lymphocytes, cellules neuroendocrines, cellules microcirculatoires , etc.). Il faut se rappeler de l'existence d'une autre partie de la population de la microflore -abdominal(ou comme indiqué ci-dessus - lumineux), qui est plus variable et dépend du taux d'entrée des substrats alimentaires par le canal digestif, notamment les fibres alimentaires, qui sont un substrat nutritif et jouent le rôle de matrice sur laquelle les bactéries intestinales se fixent et forment des colonies. Cavité (luminale) Flore domine dans la microflore fécale, ce qui oblige à évaluer avec une extrême prudence les changements dans diverses populations microbiennes détectées lors de l'examen bactériologique.

L’estomac contient peu de microflore, beaucoup plus dans l’intestin grêle et surtout beaucoup dans le gros intestin. Il est à noter que succion liposoluble substances, les plus importantes Les vitamines et les microéléments se trouvent principalement dans le jéjunum. C’est pourquoi l’inclusion systématique dans l’alimentation de produits probiotiques et de compléments alimentaires, quimoduler la microflore intestinale (microbiote), régulant les processus d'absorption intestinale,devient un outil très efficace dans la prévention et le traitement des maladies nutritionnelles.

Absorption intestinale- il s'agit du processus d'entrée de divers composés à travers une couche de cellules dans le sang et la lymphe, grâce auquel le corps reçoit toutes les substances dont il a besoin.

L'absorption la plus intensive a lieu dans l'intestin grêle. Du fait que les petites artères se ramifiant en capillaires pénètrent dans chaque villosité intestinale, les nutriments absorbés pénètrent facilement dans les fluides corporels. Le glucose et les protéines décomposées en acides aminés sont absorbés dans le sang médiocre. Le sang transportant le glucose et les acides aminés est envoyé au foie, où les glucides sont déposés. Les acides gras et le glycérol - un produit du traitement des graisses sous l'influence de la bile - sont absorbés dans la lymphe et de là pénètrent dans le système circulatoire.

Sur la photo de gauche(schéma de la structure des villosités de l'intestin grêle) : 1 - épithélium cylindrique, 2 - vaisseau lymphatique central, 3 - réseau capillaire, 4 - muqueuse, 5 - membrane sous-muqueuse, 6 - plaque musculaire de la muqueuse, 7 - glande intestinale, 8 - canal lymphatique .

Une des significations de la microflore côlon c'est qu'il participe à la décomposition finale des résidus alimentaires non digérés.Dans le gros intestin, la digestion se termine par l’hydrolyse des résidus alimentaires non digérés. Lors de l'hydrolyse dans le gros intestin, des enzymes provenant de l'intestin grêle et des enzymes provenant de bactéries intestinales sont impliquées. L'absorption de l'eau, des sels minéraux (électrolytes), la dégradation des fibres végétales et la formation de matières fécales se produisent.

Microflore joue un rôle important (!) danspéristaltisme, sécrétion, absorption et composition cellulaire de l'intestin. La microflore est impliquée dans la décomposition des enzymes et d'autres substances biologiquement actives. La microflore normale assure la résistance à la colonisation - protection de la muqueuse intestinale contre les bactéries pathogènes, supprimant les micro-organismes pathogènes et prévenant l'infection du corps.Les enzymes bactériennes décomposent les substances non digérées dans l'intestin grêle. La flore intestinale synthétise la vitamine K et Vitamines B, un certain nombre d'irremplaçables acides aminés et les enzymes nécessaires à l'organisme.Avec la participation de la microflore du corps, l'échange de protéines, de graisses, de carbones, de bile et d'acides gras se produit, cholestérol, les procancérogènes (substances pouvant causer le cancer) sont inactivés, l'excès de nourriture est utilisé et des matières fécales se forment. Le rôle de la flore normale est extrêmement important pour l’organisme de l’hôte, c’est pourquoi sa perturbation (dysbactériose) et le développement de la dysbiose en général conduisent à des maladies graves de nature métabolique et immunologique.

La composition des micro-organismes dans certaines parties de l'intestin dépend de nombreux facteurs : le mode de vie, la nutrition, les infections virales et bactériennes, ainsi que les traitements médicamenteux, notamment les antibiotiques. De nombreuses maladies gastro-intestinales, notamment les maladies inflammatoires, peuvent également perturber l’écosystème intestinal. Le résultat de ce déséquilibre est des problèmes digestifs fréquents : ballonnements, indigestion, constipation ou diarrhée, etc.

Pour plus d’informations sur le rôle du microbiome intestinal dans le maintien de la santé gastro-intestinale, consultez l’article : (voir incl. liens au bas de cette section).

Dans la figure : répartition spatiale et concentration des bactéries le long du tractus gastro-intestinal humain ( données moyennes).

La microflore intestinale (microbiome intestinal) est un écosystème incroyablement complexe. Un individu possède au moins 17 familles de bactéries, 50 genres, 400 à 500 espèces et un nombre indéfini de sous-espèces. La microflore intestinale est divisée en micro-organismes obligatoires (micro-organismes qui font constamment partie de la flore normale et jouent un rôle important dans le métabolisme et la protection anti-infectieuse) et facultatifs (micro-organismes souvent présents chez les personnes en bonne santé, mais opportunistes, c'est-à-dire capables de provoquer maladies en cas de résistance réduite du macroorganisme). Les représentants dominants de la microflore obligatoire sont bifidobactéries.

Le tableau 1 présente les plus célèbresfonctions de la microflore intestinale (microbiote), alors que sa fonctionnalité est beaucoup plus large et est encore à l'étude